За кафедрою інформаційних системи в економіці закріплено дві освітньо-професійні програми другого (магістерського) рівня вищої освіти: 

    1. Інформаційні управляючі системи та технології.  

Керівник проектної групи (гарант) освітньо-професійної програми - д.е.н., професор Устенко С.В.

Робочі програми навчальних дисциплін і методичні матеріали з вивчення навчальних дисциплін другого (магістерського) рівня вищої освіти освітнього-професійної програми "Інформаційні управляючі системи та технології"

     2. Системи штучного інтелекту.

Керівник проектної групи (гарант) освітньо-професійної програми - д.т.н., д.е.н., професор Рамазанов С.К.

Робочі програми навчальних дисциплін і методичні матеріали з вивчення навчальних дисциплін другого (магістерського) рівня вищої освіти освітнього-професійної програми "Системи штучного інтелекту"

Також викладачі кафедри викладають на інших освітньо-професійних програмах другого (магістерського) рівня вищої освіти в рамках ННІ "Інститут інформаційних технологій в економіці" та Університету в цілому.